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种蛋的结构包括蛋壳、蛋清、卵黄以及胚胎，几部分组成。
1、蛋壳
高质量的孵化蛋的蛋壳是光滑的，没有皱纹或蛋壳表面没有钙化物质的堆积。同一批蛋的颜色应该是一致的。青年父母代鸡所产的蛋蛋壳较厚，随着鸡群日龄的增长，蛋壳会逐渐变薄且畸形蛋壳的发生率也增加。饲料中钙或维生素D3含量不足产出的蛋蛋壳也较薄。盐水饮用不足以及高水平氯也会导致蛋壳问题发生。畸形白色、厚壳蛋可能说明鸡群存在各种疾病(IB、NCD、EDS)。
2、蛋清
高质量的孵化蛋含有较高比例的厚的、粘稠的蛋清。蛋清会随着鸡群日龄增长和储藏时间而变稀。高质量的蛋清是半透明的，有绿色的或黄色的投影表明含核黄素。肉斑或血斑说明鸡群存在应激或者过分拥挤。
3、卵黄
卵黄的大小随着鸡群日龄的增加而增加，因此卵黄/蛋清的比例也增加。在质量好的孵化蛋中，卵黄具有一致的颜色没有任何血斑或者肉斑。卵黄有杂色说明鸡群存在应激。
4、胚胎
胚胎浮在卵黄的顶部。在未孵化的鸡雏的种蛋中，胚胎看起来类似于油炸饼圈的不透明的环，具有半透明的中心。高质量的胚胎直径为3-5mm。
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