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当前饲料中使用的添加剂很多，如何配合使用这些添加剂是部分用户遇到的问题之一。在酶制剂使用上主要有酶制剂与活菌制剂能否配合使用，酶制剂与抗菌素能否配合使用等问题。根据我们的了解，活菌制剂中含有大量的有益菌，添加到饲料中有促进动物对营养成分消化吸收的功能，与酶制剂的作用有类似点。但活菌制剂的主要作用是增加动物肠道的有益菌从而有益于减少腹泻等疾病，与酶制剂的主要功能不同。两种产品配合使用效果较好。同时，抗菌素的使用不会影响酶制剂的效果，也可以与酶制剂同时使用。但抗生素能杀灭活菌，不能与活菌制剂同用，不能三种添加剂同时使用。
在调查中我们还发现，由于部分企业酶制剂的说明书内容不全，还得提醒有关用户注意三个问题：
一是在使用的蛋白酶大量接触皮肤时，应尽快用清水冲洗；
二是酶制剂有生物活性，使用中应尽可能减少高温的时间和温度；
三是酶制剂的生物活性随储存时间的增加而减少，宜随用随购，如无特别的需求，不宜大量长时间存放。