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第一是PCV2引起的免疫抑制和多系统衰竭
这是最先发现的一个PCV2的致病手段。最早报道的PCV2造成的疾病就是仔猪断奶后多系统衰竭综合症（PMWS）。PMWS最典型的病变在于淋巴组织，全身淋巴结肿大，在显微镜下（观察病理组织学切片），淋巴组织当中的淋巴细胞显著减少，而巨嗜细胞则明显增多，占据了原来淋巴细胞的位置。这样不难想象，淋巴细胞的衰竭减少导致了免疫抑制。但是另一点应该注意到的是，增生的巨嗜细胞在干什么呢？一方面当然巨嗜细胞吞噬PCV2的抗原，但是另一方面他们却释放很多细胞因子。
06年一篇韩国的研究就证明了在患有PMWS的猪的血液里面，肿瘤坏死因子（一种细胞因子，并非只有在肿瘤的情况下产生）的含量明显高于正常猪。各种细胞因子能调节体内的各种炎症反应以及身体的各种代谢（这种调节不一定都是往好的方向调节的，具体机理非常复杂，这里不说明了），而过多的细胞因子分泌则会导致身体正常生理平衡的失调，被认为是导致多系统衰竭的一个因素（可能不是唯一因素）。
第二就是PCV2引起的“超敏反应”
何谓超敏反应？说浅显了就是机体要来对付外来病原或异物的一些免疫反应，但是在某些情况下免疫反应过度了，在消除病原和异物的同时伤害了自己的身体。与PCV2相关的第二种疾病就是皮炎肾病综合症（PDNS）。PDNS一般发生的日龄要比PMWS晚一点，在北美不会与PMWS同时出现在一个猪身上，但是在欧洲却发现这样的情况。
PDNS的病变在皮肤和肾脏。皮肤是斑块状的红色至褐黑色的变化，在病理组织学切片上面可以看到这些变化是由于皮下的小血管炎症引起的，由于小血管炎症造成出血和血管的栓塞，而受血管供应的皮肤组织则因为血管栓塞而造成的缺血缺氧发生坏死（梗死），这些坏死和出血就造成了临床上面看到的皮肤红色到黑色的斑块状变化。肾脏的病变跟猪瘟的肾脏有点相像，都是出血点的变化，但是不一样的是PDNS的肾脏出血点似乎更加广泛，分布也相对规则（这个是需要一点经验去判断的）。
为什么PDNS的肾脏会出现与猪瘟不一样的出血点呢？在病理组织学切片上面就可以找到答案：因为猪瘟的肾脏出血是肾脏的小血管损伤造成的，这些出血都留到血管周围，形成了肉眼可见的大小不一的小出血点；然而PDNS的肾脏出血是因为肾小球里面的血管通透性增大，导致出血，这些出血都发生在肾小球囊里。如果知道肾脏组织学结构的人，都会知道在一张切片上究竟有多少的肾小球（挺多的），而分布又是如何规律（挺规律的），那么就不难想象这么多的肾小球都出血的话，在大体上看到的出血点就会很多，而且分布很广泛和规律了。
上面解释的是PDNS的病变，但是为什么会有这些病变呢？现在比较多人认同的原因是因为PCV2感染后，机体会产生抗体，这些抗体与PCV2结合就成了抗原抗体复合物。抗原抗体复合物会沉着在血管壁（肾小球也是一种血管结构），而抗体跟抗原结合之后不是就完事了，而是会引起一系列机体的炎症反应，结果这些炎症反应却把血管给破坏了（就是前面说道的超敏反应），于是就形成血管炎和出血。
值得注意的是，不仅仅是PCV2的抗原抗体复合物能引起超敏反应，任何过剩的抗原抗体复合物都有机会造成这样子的变化。一个例子就是在90年代初发现PDNS之前，有一篇文章报道了一种皮肤类似PDNS皮肤病变的疾病，而在这个病例的皮肤的血管炎症周围，可以检测到PRRS的抗原存在。这就是为什么一般的学术文章都说PCV2跟PDNS相关，而不直接说PDNS是由PCV2引起的原因了。（注：这里要说一点题外话，PRRS是属于血管炎病毒科的，在马也有一种同科的病毒叫马血管炎病毒，可以引起马的血管炎、肺炎跟流产，跟猪得PRRS类似。只是猪得PRRS血管炎的变化不常见，常常会在流产的胎儿中出现）
第三想说一下PCV2另外的一些致病机理以及引起的比较新的问题
以上说的PMWS跟PDNS似乎都不是PCV2直接造成的，但是PCV2可以在多种上皮组织中复制繁殖，例如肺脏、肝脏、肾脏，甚至是血管内皮（注1：血管内皮不是上皮，不过这是比较学术的问题了； 注2： 与上面说到的抗原抗体复合物沉着在血管壁不一样，这里要说的是PCV2直接在血管壁的细胞里面繁殖造成损伤），从而造成间质性肺炎，肝脏广泛的细胞凋亡（细胞死亡的一种形式，通俗的说是细胞自杀，细胞凋亡的机理这里不作阐述），间质性肾炎（跟PDNS不一样，这样的肾脏看上去是有不少白点白斑的，显微镜下面这些白色部分就是巨嗜细胞的增生）。
一些更少有的病变包括心肌炎和脑炎。这表明圆环病毒能广泛在各种组织里面繁殖，造成直接损伤，而且似乎这些现象现在在北美（至少在加拿大）越来越明显，是否表明PCV2本身也在变异，这个问题尚待解决（实际上，有阶段性的研究结果表明一种新的没有出现过在加拿大的PCV2毒株可能与这有关）。
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