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一、加强种蛋管理，建立健康的种鸡群
大肠杆菌可因种蛋带菌而垂直传播，因此必须做好种鸡群大肠杆菌病的净化工作。对病鸡不能留作种用，一律淘汰。另外，种蛋本身不带菌，但由于捡拾不及时或者产蛋箱卫生状况不良，使种蛋与粪便接触而受到污染。因此，孵化场还须作好对种蛋的消毒，以减少种蛋污染。在种蛋入孵前必须做好药物消毒工作。如果有条件，种蛋产出后两小时内应用药物熏蒸消毒或用0.3%的过氧乙酸进行带鸡喷雾消毒，确保种蛋有最高的孵化率和健雏率。也可以对刚出壳雏鸡在3-5日和4-6日龄分别给予2个疗程抗菌素预防。
二、加强饲养管理
对饲料进行合理搭配，保持饲料、饮水清洁，及时清除粪便等垃圾。饲养密度过大的鸡群，要适度调整，保持良好通风换气，避免骤冷骤热，以减少各种诱发因素。
三、消毒管理
定期对场地、器具等进行彻底消毒，保持场地整洁。污染严重或常发病鸡场，要根据情况适当缩短消毒间隔时间, 一般5-7天要进行一次彻底消毒。
四、疫苗接种预防
接种大肠杆菌疫苗可在一定程度上控制该病的发生，但因大肠杆菌血清型较多，其效果并不十分理想。对已发生污染的鸡场可以用本场分离的大肠杆菌菌株制作灭活菌苗进行免疫接种。
五、实行全进全出制
全进全出的饲养方法是预防该病的有效方法，可有效避免不同日龄、不同批次鸡群间的交叉感染。同时鸡群尽可能采用封闭式管理，这样可减少或杜绝鸡群与大肠杆菌的污染物接触，防止本病发生。
六、加强饲料饮水的兽医卫生监测
饲料的采购、贮存和加工等环节要加强卫生管理，防止发霉、变质，减少大肠杆菌的污染。对水井、水塔和水箱等储水设施以及输水管道要经常清理、适时消毒，尤其要注意除去表面形成的生物膜。
七、改变维生素的补给方式
通过饮水添加水溶性维生素要谨慎，在一定温度条件下，水中添加水溶性维生素，不仅造成浪费，而且如果水中已污染大肠杆菌，维生素的加入还会加速大肠杆菌的大量繁殖，极易造成大肠杆菌病的暴发。
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