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病原体和动物体之间的相互作用可影响疫苗的效果，每一个猪场在制定疫病控制策略时必须考虑这些因素。猪呼吸道疾病综合征（PRDC）是一种复杂的疾病，在世界范围 内危害养猪业。PRDC见于不同管理和设施的猪场，包括规模化养猪场。PRDC是一多因子疾病，因为在典型的病例中可以检出多种病原。猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、肺炎支原体 （MH）和猪流感病毒（SIV）是美国衣阿华诊断试验室从有PRDC临床症状的猪呼吸道内最常分离到的三种病原。PRDC最典型的症状包括呼吸困难、咳嗽、饲料转化率降低以及生长缓慢和不均匀等。
不断出现、不断变化的病原最近几年，大量新出现的或变化了的病原体在PRDC发生过程中发挥重要作用。上一世纪80年代后期出现的PRRSV导致了世界范围内猪群健康状况的显著恶化。除了PRRSV外，又出现了其它的呼吸道病原，包括猪2型环状病毒（PCV）、猪呼吸道冠状病毒、传染性胃肠炎病毒（TGE）的变异株和SIV的新毒株。除了新出现的病原体外，其它常见的微生物仍难以控制。这些微生物包括肺炎支原体（MH）、胸膜肺炎放线杆菌（APP）、流感病毒H1N1株、副猪嗜血杆菌、多杀性巴氏杆菌和链球菌等。在一个猪群中，几种或所有病原体同时作用可以诱发PRDC。
由于PRDC不是由单一病因引起的，而是一种多因子疾病，所以不同猪场或同一猪场内分离的病原不同。除了不同时间感染不同的病原体外，这种不同使得PRDC的控制更加困难，而且经常失败。控制传染病的主动免疫的成功取决于很多因素，包括被动免疫的状态和宿主年、疫苗的免疫原性、猪舍的环境、宿主免疫系统的状态以及其它病原体对宿主的潜在影响等。几乎有多少猪场就需要有多少免疫程序。
一个猪场免疫失败的原因通常难以确定，而且遗憾的是，我们对猪的免疫系统，不管是体液免疫、细胞免疫、全身免疫，还是局部或粘膜免疫的基本原理知之不多。理解控制疾病所必需的免疫应答和病原微生物和其它干扰有效免疫应答的致病机理是确定疫苗的最佳接种时间所必需的。最近在实验室进行的研究揭示了母源抗体的作用以及支原体疫苗与PRRSV免
疫时间的相互关系、对支原体免疫效果的影响。
肺炎支原体疫苗肺炎支原体疫苗通常是菌苗，含有细胞膜成分或完整的肺炎支原体。已经检测到由疫苗诱导的保护性免疫，然而，针对临床肺炎的保护是不全面的。免疫可以诱导血清抗体的产生，但针对初始感染的局部保护作用很小，而且对支原体的定植的作用很轻。由肺炎支原体疫苗诱导的血清抗体产生慢，通常仅在第二次免疫的2周后才出现血清转化。没有证据表明血清抗体和临床疾病的预防有任何关系。免疫后如果没有感染，血清抗体水平下降，到免疫后4~6周即转为阴性。免疫过的猪在感染后会发生记忆反应，与未感染的免疫猪或感染的非免疫猪相比，抗体水平高的多。这种血清学反应的模式可以用于证明猪群正处于肺炎支原体的活跃感染阶段。
实验室的研究揭示了肺炎支原体疫苗效果不佳（有可能免疫失败）的几种可能的原因。母源抗体对免疫效果的影响正在研究中。而最近的研究表明母源抗体对仔猪的临床疾病有一定的预防作用（减轻肺炎病变和咳嗽症状），但母源抗体的存在抑制了仔猪局部和全身的免疫应答，也没有降低呼吸道内的病原体数量。这些结果表明，虽然母源抗体可以预防小猪的肺炎，对免疫应答的抑制作用可以延缓肺炎的发生。
母源抗体对肺炎支原体疫苗效果的影响正在研究中，从未感染过肺炎支原体的母猪接种疫苗以诱导母源抗体。这些母猪后代的母源抗体并没有降低疫苗的效力。然而，在另一项独立的研究中，自然感染的母猪免疫后诱导的母源抗体可明显降低疫苗的免疫效果。这些研究表明，母源抗体的性质（自然产生或免疫诱导）比抗体水平对疫苗效果的影响更重要。
相互作用的复杂性PRRSV和肺炎支原体之间相互作用是复杂的。已经证明肺炎支原体的存在可以促进PRRSV引起的肺炎。另一项对肺炎支原体疫苗和PRRSV疫苗减轻呼吸道疾病的研究发现，如果支原体疫苗免疫期间或免疫后2周内感染，PRRSV可显著降低肺炎支原体疫苗的免疫效果。PRRSV降低支原体疫苗免疫力的机理尚不清楚，因为全身和呼吸道局部都有肺炎支原体抗体。这一研究发现，肺炎支原体的免疫可以明显降低肺炎支原体诱导的PRRSV肺炎的能力。本研究中使用的PRRSV改型活毒（MLV）疫苗并没有减少PRRSV诱导的肺炎，也没有减少肺炎支原体加强PRRSV肺炎的能力。然而，与此相反，如果有PRRSV，不管是使用改型PRRSV活毒疫苗，还是通过感染，都会抵消免疫对支原体肺炎的降低效应。
在一项独立的研究中，发现在接种支原体疫苗前接种PRRSV的MLV疫苗，没有降低支原体疫苗的免疫效果。这表明与PRRSV感染或免疫有关的支原体疫苗免疫时间对支原体疫苗的效果非常重要。
猪场的控制策略为了克服母源抗体和PRRSV的影响，有必要开发新的疫苗如DNA疫苗和特殊佐剂疫苗，以便在实际生产条件下确保保护率。要提高保护率，需要具备有关免疫应答的知识，并利用这些知识开发新型疫苗。
这些研究作为病原体和动物免疫状态之间相互作用的模型，可以影响疫苗的效果，每个
场在制定策略时必须将其考虑在内。这将有利于兽医和生产者确定疫苗的最佳使用时机。这种感染模式特别是在PRRSV存在的情况下，应该与涉及PRDC的其它病原的免疫程序同时考虑。