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（1）小肠球虫感染：虽然该病的病因是多方面的，但小肠球虫的感染是其主要的病因之一。鸡群在20-40日龄时多发小肠球虫，主要是因为球虫在垫料和粪便中卵囊数量明显增多，导致此阶段球虫的严重感染，特别是艾美尔球虫的严重感染是导致本病危害加剧的重要原因。由于小肠球虫在肠黏膜上大量生长繁殖、导致肠黏膜增厚，严重脱落及出血等病变，几乎使饲料不能消化吸收，同时对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象。
（2）病毒感染：许多病毒感染都可成为肠毒综合症发生的诱因之一。如呼肠弧病毒，它引起的肠炎可损害肠道吸收功能。感染呼肠弧病毒的仔鸡典型症状为发育不良、生长停滞及腹泻等，此外还有腺病毒、冠状病毒等。
（3）细菌感染：在小肠球虫感染的过程中，小肠球虫在肠粘膜细胞里大量繁殖，耗费大量的氧，导致小肠粘膜组织产生大量乳酸，使肠道PH值严重降低，由于肠道PH值的改变，肠道菌群发生改变，有益菌减少，有害菌大量繁殖，特别是大肠杆菌，沙门氏菌、产气夹膜杆菌等趁机大量繁殖，球虫与有害菌相互协同，加强了致病性。
（4）电解质大量丢失：球虫和细菌大量快速生长繁殖，导致消化不良，肠道吸收障碍，电解质吸收减少。同时，由于大量的肠粘膜细胞迅速被破坏，使电解质大量丢失，会出现生理生化障碍，特别是钾离子的大量丢失，会导致心脏的兴奋过度增加，这也是肉鸡猝死发病率明显增多的原因之一。
（5）毒素的影响：外来的毒素可能存在于饲料中，也可能存在于饮水及饲料的副产品成分中，如黄曲霉素。体内的毒素是指在发病过程中，大量的肠上皮细胞破裂，在细菌的作用下发生腐败分解，以及虫体死亡、崩解等产生的大量有毒物质。这些有毒物质被机体吸收后发生自体中毒，在临床上出现软脚、嗜睡、昏迷、衰竭、死亡等临床症状。
（6）饲料中维生素、能量和蛋白质的影响：饲料营养越丰富，发病率越高，症状也越重，而品质较低的饲料相对发病率较低。这是因为在球虫细菌的混合感染中，大量的能量、蛋白质和部分维生素促进二者大量繁殖，加重症状。
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