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天山畜牧公司目前拥有美国荷斯坦、褐牛、安格斯、蒙贝利亚、西门塔尔、夏洛来六个品种的种牛，种质资源丰富，特别是拥有美国荷斯坦种母牛460 头,种公牛77头，涵盖北美13 个家系，是目前国内美国奶牛品系最全的荷斯坦基因库，全国最为优质的北美荷斯坦活体种公牛供种基地之一;同时也是新疆地区褐牛改良的主要承担企业，国内品系最全的种公牛站之一。
随着良种补贴项目的深入实施，TPPI、CPI 等育种评定方法逐渐成为行业标准，并逐步为养殖行业所认知，验证种公牛的优质冻精需求将进一步增长。因此，验证种公牛数量将决定良种繁育企业在相应品种上的市场份额，公司2010 年、2011 年良种补贴项目入选种公牛头数分别为171 头、168 头，均居行业第一位。
由于牛养殖行业养殖品种的多样性，良种繁育企业所拥有的优质种公牛种质资源将决定企业未来的市场空间。公司拥有奶牛、肉牛及乳肉兼用牛的世界著名品种，品质居国内前列，覆盖国内主要养殖品种。齐全的种公牛品种为公司的市场竞争与市场开拓打下了坚实基础，也获得了较为突出的比较优势。